Was bisher Geschah...

"In einer nahen Zukunft entwickelt der Waffenhändler James McCullen eine auf Nanotechnik basierende Waffe, die ganze Städte zerstören kann. Seine Firma MARS verkauft vier Sprengköpfe dieser Waffe an die NATO, und die US Army wird mit der Auslieferung beauftragt. Duke und Ripcord sollen die Sicherung des Transports übernehmen, werden aber von der Baroness angegriffen, die Duke als seine Exverlobte Ana Lewis identifiziert. Duke und Ripcord werden dabei von Scarlett, Snake Eyes und Heavy Duty gerettet. Sie nehmen die beiden und die Sprengköpfe in das Hauptquartier der Global Integrated Joint Operating Entity (G.I. JOE) in Nordafrika mit. Dort treffen Duke und Ripcord auf General Hawk, der G.I. Joe leitet und die Kontrolle über die Aufbewahrung der Sprengköpfe übernimmt. Hawk lässt die beiden nur deshalb in der Organisation, da Duke die Baroness kennt.
McCullen verwendet dieselbe Nanotechnologie, um mit Hilfe eines Doktors widerstandsfähige Soldaten zu schaffen, die den Diebstahl der Sprengköpfe sichern sollen, damit er eine neue Weltordnung schaffen kann. Bei der Fernüberprüfung der Sprengköpfe aktiviert McCullen einen Sender und schickt Storm Shadow sowie die Baroness und Zartan, um die Sprengköpfe wiederzubeschaffen. Nach einem Kampf bergen die drei die Sprengköpfe und schaffen diese zu Baron DeCobray, dem Ehemann der Baroness. Sie zwingen ihn, die Sprengköpfe scharf zu machen, und feuern einen Sprengkopf auf den Eiffelturm, um die destruktive Kraft der Waffe zu zeigen. Sie werden dabei von den Joes verfolgt, die sie nicht stoppen können, einzig Duke gelingt es rechtzeitig, den Notausschalter zu drücken, bevor die in der Waffe enthaltenen "Nano-mites" mehr als den bereits nicht mehr zu rettenden Eiffelturm zerstören können. Dabei wird Duke jedoch gefangengenommen und in McCullens Basis unter der Arktis verschleppt.
Die Joes lokalisieren die Basis und kommen dort an, während McCullen die Sprengköpfe auf Raketen montieren lässt. Snake Eyes kann eine Rakete kurz nach dem Start abschießen, so dass Ripcord die restlichen zwei Raketen, die in Richtung Moskau und Washington abgeschossen wurden, mit einem Flugzeugprototypen verfolgen kann. Scarlet und ihre Gruppe infiltrieren die Basis, während Heavy Duty einen Angriff auf Cobra-Kräfte anführt. Duke erfährt derweil, dass Doktor Rex Lewis der eigentlich tote Bruder von Ana ist, der vor vier Jahren dem Anschein nach bei einer von Duke geführten Mission umkam. Er war dabei in einem Bunker mit Doctor Mindbender gefangen und überlebte. Die Baroness versucht daraufhin, Duke vor ihrem Bruder zu retten und befreit ihn. Jedoch kann Doktor Rex die Baroness daran hindern, indem er seine Nano-mites einsetzt, mit denen er die Baroness die letzten vier Jahre unter seiner Kontrolle hatte. Bei McCullens Versuch, Duke zu töten, verletzt dieser ihn, und McCullen flieht mit Rex in ein Fluchtfahrzeug. Duke und die Baroness verfolgen die beiden, während Rex die Selbstzerstörungssequenz der Basis einleitet. Währenddessen treffen Snake Eyes und Storm Shadow aufeinander. Snake Eyes ersticht Storm Shadow und tötet diesen offensichtlich.
Rex heilt McCullens verbranntes Gesicht mit Nano-mites, tauft ihn auf den Namen „Destro“ und nimmt die Identität des Cobra Commanders an, woraufhin sie kurz danach von den Joes gestellt werden. Auf einem Flugzeugträger wird die Baroness in Schutzhaft genommen, bis die Nano-mites aus ihrem Körper entfernt wurden. Zartan infiltriert unter Kontrolle von Rex das Weiße Haus, indem er während der Krise die Identität des US-Präsidenten angenommen hat."

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In der Gegenwart...

3 Jahre sind seit dem Nano-Mite Krieg vergangen, die G.i.Joe Einheit genießt hohes Ansehen und hat gut zu tun. Destro und der Cobra Commander sind fest hinter Schloss und Riegel und von den restlichen Überlebenden des Nano-mite Krieges, fehlt jede Spur.
Duke hat sich mittlerweile den Posten des Capitan der Joe Einheit hart erarbeitet. Ebenfalls ist Ana dem Team beigetreten, nachdem die Nano-mites aus ihrem Körper entfernt worden sind und Sie unter gewissen Voraussetzungen auf freien Fuß gesetzt wurde.
Das Joe Team sorgt für Recht und Ordnung, doch blieb die Gegenseite, die Cobra Organisation nicht untätig ...
Wird es bald zu einem neuen Krieg kommen?!